АНО НТР завершила 23.08.2016 проведение долгосрочной международной стажировки (3 месяца) для Ким Александры Вячеславовны - Ведущего инженера кафедры биохимии, микробиологии и биотехнологии, Школы естественных наук Дальневосточного федерального университета в лаборатории Института микробиологии Waksman Ратгерского университета (США), который согласно рейтингу британского журнала "Times Higher Education" занимает 141-е место среди лучших вузов мира и 70-е место среди Лучших университетов США.

Стажировка проходила по теме: Функциональная характеризация прокариотических  CRISPR-Cas адаптивных имунных систем».

Стажировка была организована под руководством принимающего профессора,  Доктора биологических наук Константина Северинова, Профессора Ратгерского университета (США), заведующего лабораторией Института микробиологии Waksman,  Профессора Сколковского института науки и технологий. Профессор Северинов возглавляет лабораторию регуляции экспрессии генов мобильных элементов прокариот в Институте молекулярной генетики Российской Академии наук, и лабораторию молекулярной генетики микроорганизмов в Институте биологии гена Российской Академии наук. Является руководителем проекта по мегагранту в Санкт-Петербургском государственном политехническом университете. Член научно-технического Совета «Российской корпорации нанотехнологий». Работает над генетическим, биохимическим, и структурным анализом механизма транскрипции и регуляции у бактерий. Он также изучает регулирование макромолекулярного синтеза в процессе инфицирования бактериофагов и различные молекулярные взаимодействия между бактериофагами и их материнской бактерией. Другим основным направлением его исследований является анализ антибактериальных пептидов, называемых микроцинами: их структуры, механизмов функционирования, эволюции и использования в качестве новых антибиотиков. Является автором более 200 научных публикаций и 6 патентов, индекс Хирша 45.

А.В. Ким  в ходе исследовательской деятельности работала в лаборатории над проектом, направленным на функциональную характеристику прокариотных систем адаптивного иммунитета CRISPR-Cas и принимала участие в проектах:

• Поиск, идентификация и изучение функциональных доменов и аминокислотных последовательностей эффектора нового типа С2с2, участвующих в созревании crRNA
• Изучение механизмов избегание фагом иммунной системы С2с2 типа бактерий на примере РНК содержащего фага MS2.
• Изучение механизмов встраивания олигонуклеотидов в кассету CRISPR-Cas I-E типа.

А.В. Ким прошла персональную подготовку с двумя старшими учеными в лаборатории, докторами Екатериной Семеновой и Константином Кузнеделовым. Хорошо проявила себя и освоила несколько важных лабораторных методов в области молекулярной биологии и микробиологии, которые она сможет использовать в своих собственных исследованиях в ДВФУ.

По итогам стажировки была реализована деятельность по направлениям:

• Биоинформатический анализ последовательности эффектора LshC2c2 (новая CRISPR-Cas система VI типа), позволяющий выявить потенциальные домены и аминокислоты, необходимые для процессинга crРНК.
• Клонирование в экспрессионный вектор pET-28a соответствующих мутантных вариантов гена эффектора LshC2c2 путем сайт специфического мутагенеза.
• Получение оставшихся планируемых мутаций в гене lshc2c2, выделение соответствующих мутантных вариантов белка и изучение их функциональную активность in vitro.
• Изучение, за счет каких мутаций происходит избегание фагом MS2 иммунной системы бактерий.
• Изучение наиболее активные мутантные варианты белка LshC2c2 в тестах in vivo.
• Анализ индивидуальных фаговых бляшек с помощью Drop test на устойчивых и чувствительных клетках.
• Изучение механизмов встраивания олигонуклеотидов к CRISPR систему.